El tram de riu Ebre que està sotmès a control comprèn aproximadament 80 km, des del meandre de Flix fins a Amposta. Aigües amunt de Flix no es realitza control perquè les característiques del riu no afavoreixen la presència de larves de mosca negra (embassaments de Flix, Riba-roja d’Ebre i Mequinensa), de la mateixa manera que aigües avall d’Amposta, on el corrent és baix i la salinitat elevada.
Aquesta àrea de tractament es distribueix en set trams i un punt de tractament al meandre de Flix:
- Meandre de Flix
- Tram 1: Ascó – Garcia
- Tram 2: Garcia – Gasoducte
- Tram 3: Gasoducte – Miravet
- Tram 4: Miravet – Assut Xerta
- Tram 5: Assut de Xerta – Bítem
- Tram 6: Bítem – Tortosa
- Tram 7: Tortosa – Amposta