Aunque el origen de las formaciones deltáicas son tan antiguas como el mismo río, no fue hasta la última estabilización del nivel del mar que se empezó a formar el complejo deltaico actual, hace aproximadamente 4.000 años.
En todo este tiempo, especialmente entre los siglos XVI y XIX, se ha ido configurando una vasta extensión de 320 Km2 de sedimentos aportados por la erosión natural de la cuenca fluvial, transportados por el río hasta la zona marítima litoral y distribuidos mediante la acción de las olas y las corrientes marinas, en un intenso juego de fuerzas entre las dos unidades.
Las características de la cuenca, con una gran extensión, la naturaleza de los materiales que la forman, y unas lluvias escasas pero torrenciales; junto con las características del mar Mediterráneo, donde desemboca el río, con un bajo régimen de mareas, oleajes suaves, así como también la poca profundidad de la zona marítima litoral, han hecho posible la configuración del Delta del Ebro, adentrado unos 22 Km en el mar.
Los materiales que se encuentran, arcillas, limos o arenas derivadas, son trabajados por el río y por el mar formando un gran número de ambientes deltaicos, además, la compactación y asentamiento de los sedimentos blandos que forman el delta pueden acabar dando nuevas lagunas y bahías en hundir, bajo el nivel del mar, los espacios que han dejado de recibir sedimentos, constituyendo un conjunto esencialmente dinámico y evolutivo a corto, medio y largo plazo, creando una multitud de nichos ecológicos en pequeñas superficies, que dan a la zona una elevada diversidad biológica.
Según el esquema propuesto por el geólogo Antoni Canício en el periodo comprendido entre 4000 a J. C. y 1990 se reflejan los diferentes movimientos del curso del río, pudiéndose apreciar la formación de antiguas lagunas litorales presentes o desaparecidas en la llanura deltaica.
La hidrología de la zona se caracteriza por mostrar toda una gradación de salinidades en los diferentes espacios, así pues, nos encontramos con los colmillos, con una salinidad muy baja, y con lagunas el contenido de sales de las cuales es mucho más elevado. Estas lagunas sin embargo, varían este grado de salinidad en función del ciclo periódico del cultivo del arroz por el hecho de formar parte del sistema de desagües de la red de irrigación general, de manera que entre los meses de marzo a diciembre hay una considerable aportación de agua dulce en las balsas. El resto del año, al disminuir esta aportación aumenta la salinidad. A este hecho hay que añadir la influencia marina sobre las balsas. Todos estos factores tienen una incidencia directa en la generación de los diferentes tipos de mosquitos.
