El tramo de río Ebro que está sometido a control comprende aproximadamente 80 km, desde el meandro de Flix hasta Amposta. Aguas arriba de Flix no se realiza control por que las características del río no favorecen la presencia de larvas de mosca negra (embalses de Flix, Riba-roja d'Ebre y Mequinenza), al igual que aguas abajo de Amposta, donde el corriente es bajo y la salinidad elevada.
Esta área de tratamiento se distribuye en siete tramos y un punto de tratamiento en el meandro de Flix:
- Meandro de Flix
- Tramo 1: Ascó - Garcia
- Tramo 2: Garcia - Gasoducto
- Tramo 3: Gasoducto - Miravet
- Tramo 4: Miravet - Azud Xerta
- Tramo 5: Azud de Xerta - Bítem
- Tramo 6: Bítem - Tortosa
- Tramo 7: Tortosa - Amposta